В отчете аудитора Александра Жданькова представлены результаты экспертно-аналитического мероприятия «Анализ использования средств бюджета Союзного государства, выделенных в 2008-2013 годах на реализацию программ Союзного государства, полноты и своевременности их выполнения, а также внедрения полученных результатов в практическую деятельность». В отчете отмечается ряд системных недостатков, влияющих на эффективность реализации программ Союзного государства. Так, в правовых актах Союзного государства не закреплены нормы, обязывающие профильные министерства проводить системную работу по выявлению и отбору приоритетных проблем для разработки союзных программ. Контроль госзаказчиков за ходом реализации программ и использованием бюджетных средств носил формальный характер. Методики оценки эффективности бюджетных расходов у госзаказчиков отсутствовали. К системным недостаткам также относится длительность процедуры разработки и утверждения союзных программ (от 5 до 20 месяцев), отсутствие у госзаказчиков внутриведомственных распорядительных документов об организации работ по исполнению программ, несоблюдение требований конкурсного отбора исполнителей программ, нарушение сроков подготовки итоговых отчетов о реализации программ (от 14 до 26 месяцев). Анализ использования средств союзного бюджета, выделенных на реализацию 13 программ, показала, что по трем программам не использованы средства на общую сумму 77,5 млн. рублей, которые затем были возвращены в бюджет Союзного государства. Проверка также показала, что созданные за бюджетные средства технологии и оборудование не всегда находят применение. Из 13 программ только по 8 результаты полностью или частично внедрены в производство. Кроме того, созданные за бюджетные деньги результаты интеллектуальной деятельности странам-членам Союза не принадлежат. По 13 программам исполнители (как правило, коммерческие предприятия) оформили на себя 53 патента. При этом действенных мер по возврату прав на созданные технологии и оборудование госзаказчиками не принимается.