Росгеология не в полном объеме выполняет свои обязательства по госконтрактам с Роснедрами. Всего с 2015 г. Роснедра заключили с холдингом 234 госконтракта на 70,1 млрд руб. На конец 2018 г. завершены 108 контрактов на сумму 22,3 млрд руб., из них 10 - с нарушением срока. В итоге с учетом неисполненных обязательств 2018 г. Росгеология в 2019 г. должна выполнить работы на сумму свыше 20 млрд руб. по 126 госконтрактам. К нарушению сроков привели организационные недостатки с обеих сторон: в Роснедрах – при заключении договоров, в Росгеологии — при их исполнении. Так, на организационный процесс в среднем уходит 2-4 месяца, а на подготовку проектной документации и ее экспертизу - от 4 до 6 месяцев. В результате в первый год действия контракта исполнитель не может приступить к полевым работам в связи с наступлением неблагоприятного для этого времени года.