В отчете аудитора Счетной палаты Татьяны Блиновой представлены результаты проверки исполнения закона «О федеральном бюджете на 2016 год» и бюджетной отчетности об исполнении федерального бюджета за 2016 г. в упраздняемой Федеральной миграционной службе и ликвидационных мероприятий по ее упразднению
Проверка показала, что ликвидационные мероприятия по упразднению ФМС России в установленные распоряжением Правительства сроки (31 декабря 2016 г.) не завершены: ликвидационный баланс утвержден не был, уведомление о снятии с учета в налоговых органах получено не было. Кроме того, в отчете отмечается, что ликвидационные мероприятия по упразднению ФМС России осуществлялись в отсутствие федеральных законов, подзаконных актов Правительства РФ, ведомственных актов Минфина России, Минэкономразвития России и иных федеральных органов исполнительной власти, устанавливающих процедуру либо порядок ликвидации упраздняемых федеральных органов исполнительной власти. Установлено, что вопросы порядка и размеров премирования председателя и членов ликвидационной комиссии федерального государственного органа исполнительной власти также нормативно не урегулированы. В 2016 г. произведены выплаты премий членам ликвидационной комиссии в сумме 18,42 млн руб. и председателю ликвидационной комиссии ФМС России - 640 тыс. руб. При этом акты Правительства о премировании председателя ликвидационной комиссии ФМС России не издавались.