В отчете заместителя Председателя Счетной палаты Веры Чистовой представлены результаты контрольного мероприятия «Проверка целевого и эффективного использования средств федерального бюджета, выделенных на реализацию мероприятий в рамках планов информатизации в 2014-2015 годах и истекшем периоде 2016 года (при необходимости в более ранние периоды) в целях обеспечения прозрачности таможенного оформления и таможенного контроля». В отчете отмечается, что расходы федерального бюджета на ЕАИС ТО с момента ее создания в 1994 г. по 2016 г. составили порядка 21,8 млрд руб. За период с 1994 г. по 2015 г. в рамках модернизации информационной системы таможенных органов создавались новые подсистемы, количество которых к 2015 г. возросло до 858 наименований. В целях выявления морально устаревших и не использующихся подсистем в 2015 г. проведена инвентаризация, по итогам которой только 56% подсистем признаны актуальными. Проверка формирования и исполнения планов информатизации выявила ряд систематических нарушений. К ним относятся включение закупок по виду расходов «Закупка товаров, работ, услуг в сфере информационно-коммуникационных технологий» в План-график размещения заказов на 2016 г. до утверждения плана информатизации на общую сумму 838,7 млн руб. Также выявлено, что до утверждения планов информатизации в 2014-2016 гг. заключены госконтракты на общую сумму 1,92 млрд руб. Помимо этого, анализ отчетов по реализации планов информатизации за 2014 и 2015 гг. показал, что в рамках некоторых мероприятий по информатизации превышен фактический объём финансирования над запланированным на общую сумму 1,24 млрд руб. В отчетах об исполнении планов информатизации за 2014 г. и 2015 г. информация о заключенных таможенными органами государственных контрактах ФТС России не отражается. Результаты проверки показали, что в 2015 г. фактические расходы на реализацию мероприятий по информатизации превысили предусмотренные планами информатизации на 1,024 млрд руб., или 27,6%. По состоянию на 1 декабря 2016 г. аналогичная ситуация складывалась в отношении превышения фактических расходов 2016 г. относительно утвержденного плана информатизации на 312,6 млн руб., или 14,9%.