В отчете аудитора Счетной палаты Бато-Жаргала Жамбалнимбуева представлены результаты контрольного мероприятия «Проверка эффективности деятельности федерального государственного унитарного предприятия «Национальные рыбные ресурсы» в 2015-2016 годах и за истекший период 2017 года по управлению закрепленным за ним государственным имущественным комплексом, включая гидротехнические сооружения в терминалах морских портов, предназначенные для комплексного обслуживания судов рыбопромыслового флота, в целях обеспечения мер по реализации государственной программы Российской Федерации «Развитие рыбохозяйственного комплекса». В ходе проверки установлено, что на балансе предприятия находилось 188 портовых объектов, в том числе 129 ГТС. Из этих объектов 85 были переданы в долгосрочную аренду, 40 эксплуатируются предприятием самостоятельно, один передан на праве безвозмездного пользования, а три не возвращены предприятию в установленном порядке бывшими арендаторами. Таким образом, в аренду передано более половины имущества предприятия. Кроме того, ГТС передавались предприятию с обременением. В отчете отмечается, что Нацрыбресурсом изменен перечень причалов, представленный Росрыболовством в Минэкономразвития России в обоснование инвестиционного проекта. В результате, вместо запланированных к реконструкции 4 причалов Петропавловск-Камчатского морского порта (расположенных в Петропавловской губе), проектирование выполнено по 3 причалам (расположенным в бухте Моховая). При проведении открытого конкурса на выполнение ПИР, Нацрыбресурс определило начальную максимальную цену контракта в размере 78,5 млн руб. посредством применения метода сопоставимых рыночных цен (анализа рынка) на основании представленных по его запросу коммерческих предложений, несопоставимых с условиями фактической закупки. Нацрыбресурс оплачены по государственному контракту работы, выполненные генпроектировщиком (ЗАО «РосГеоПроект») в сумме 68,5 млн рублей, что на 27,9 млн рублей выше стоимости проектно-изыскательских работ, подтвержденной ФАУ «Главгосэкспертиза России» по результатам проверки достоверности определения сметной стоимости объекта реконструкции. Данное нарушение имеет признаки причинения ущерба государству.