В отчете аудитора Валерия Богомолова представлены промежуточные результаты экспертно-аналитического мероприятия«Проверка целевого и эффективного использования средств федерального бюджета, предоставленных в 2014 году и истекшем периоде 2015 года организациям транспорта, осуществляющим региональные воздушные перевозки, в Федеральном агентстве воздушного транспорта». В отчете отмечается, что Правила субсидирования региональных воздушных перевозок недоработаны. В частности, они предусматривают субсидирование региональных перевозок и формирование региональной маршрутной сети. Вместе с тем российским законодательством эти понятия не установлены, как и критерии формирования региональной маршрутной сети. Кроме того, в 165 из 415 населенных пунктов, включенных в прилагаемый к Правилам Перечень труднодоступных населенных пунктов, отсутствуют аэродромы (аэропорты) и посадочные площадки. В общем объеме внутренних перевозок по России доля перевозок по субсидируемым маршрутам составляет 1,3%. В 2015 году отмечается рост количества перевезенных пассажиров по субсидируемым маршрутам на 6,6% и соответствующий рост пассажирооборота на 33,4%. Самолеты российского производства использовались авиакомпаниями при осуществлении 32 из 127 субсидируемых маршрутов в 2014 году (25% от количества субсидируемых маршрутов) и 49 из 129 субсидируемых маршрутов в 2015 году (37,9% от количества субсидируемых маршрутов). В отчете также отмечается недостаточный контроль со стороны Росавиация за соблюдением авиакомпаниями условий предоставления субсидий. Так, в 2015 г. четыре авиакомпании нарушили сроки возврата остатков субсидий, три авиакомпании не оплатили неустойку за нарушение сроков возврата бюджетных средств.