В территориальных управлениях Росрыболовства отсутствует единый подход к начислению и учету доходов бюджетов региональной бюджетной системы.

В отчете аудитора Сергея Штогрина представлены результаты контрольного мероприятия «Проверка правильности исчисления, полноты и своевременности уплаты доходов в Росрыболовстве и его территориальных органах в целях выявления резервов поступления неналоговых доходов в федеральный бюджет в 2013-2015 годах». В отчете отмечается, что за период 2013-2015 гг. доходы отрасли (налоговые поступления, таможенные платежи и доходы, администрируемые Росрыболовством), в целом возросли и в 2015 г. составили 26,6 млрд. рублей. Доходы федерального бюджета, администрируемые Росрыболовством, относительно 2013 г. выросли в 2,7 раза и в 2015 г. составили 5,4 млрд. руб. Перевыполнение прогнозного задания по доходам составило в 2013 г. на 30,6%, в 2014 г. на 97,5%, в 2015 г. на 117,4%, что говорит о низком качестве прогнозирования доходов бюджета. Превышение уточненного прогноза поступлений более чем на 15%, а иногда в несколько десятков раз, отмечается по целому ряду администрируемых статей доходов. Так, исполнение прогноза поступления доходов по пошлинам за государственную регистрацию, а также за совершение прочих юридически значимых действий составило в 2013 г. - 393%, в 2014 г. – 305%, в 2015 г. – 175 %. Проверка также показала, что в территориальных управлениях Росрыболовства отсутствует единый подход к начислению и учету доходов бюджетов региональной бюджетной системы. Кроме того, в 2013-2015 гг. Росрыболовством не был обеспечен контроль за своевременным перечислением в федеральный бюджет части прибыли федеральными государственными унитарными предприятиями. Так в 2013-2015 гг. несвоевременно перечислены в федеральный бюджет 15 млн. руб.