В отчете аудитора Валерия Богомолова представлены результаты контрольного мероприятия «Проверка целевого и эффективного использования бюджетных средств, направленных на реализацию мероприятий подпрограммы «Морской транспорт» федеральной целевой программы «Развитие транспортной системы России (2010 – 2020 годы)» за период с 2011 по 2013 год». В отчете отмечается, что Федеральным агентством морского и речного транспорта не обеспечивается своевременное и полное выполнение программных мероприятий, а также эффективное использование бюджетных ассигнований. Например, в ходе реализации программы систематически осуществлялась корректировка плановых значений индикаторов и показателей подпрограммы, как правило, под фактическое их исполнение. В 2013 г. не были достигнуты плановые значения по таким показателям, как «Объем перевалки грузов в российских морских портах», «Прирост производственной мощности российских портов», «Поставка судов обеспечивающего флота». Кроме того, по итогам проверки выявлены значительные недостатки в планировании и организации исполнения инвестиционных расходов. Так, несмотря на отсутствие по отдельным объектам проектно-сметной документации, в Минэкономразвития направлялись предложения о включении их в федеральную адресную инвестиционную программу (ФАИП). В целом нарушение сроков исполнения работ по контрактам составляло от 27 до 60 месяцев. Из 7 объектов строительства и реконструкции Глобальной морской системы связи при бедствии и для обеспечения безопасности построены только 3. При этом разрешения на ввод в эксплуатацию двух объектов на подходах к порту Ванино и к порту Де-Кастри отсутствуют. Как следует из отчета, по состоянию на 31 декабря 2013 г. объемы незавершенного строительства по подпрограмме составили 46,7 млрд. руб. и по сравнению 2011 г. увеличились в 1,5 раза.