В отчете аудитора Сергея Штогрина представлены результаты контрольного мероприятия «Проверка целевого расходования средств федерального бюджета в 2012-2014 годах (при необходимости в более ранние периоды) на разработку, создание, модернизацию, сопровождение современных технологий, в том числе информационных технологий, и практики их применения таможенными органами». В отчете отмечается, что, начиная с 2012 года, в деятельность таможенных органов не был внедрен целый ряд программных продуктов, разработанных за счет бюджетных средств, в том числе из состава ИРС «Доход»: КПС «Имущество», АПС «Штрафы», АПС «Задолженность» и КПС «Применение льгот». При этом расходы на модернизацию неработоспособных и сопровождение неиспользуемых программных средств составили 73,3 млн. рублей, а стоимость выведенных из эксплуатации перечисленных программных средств составила 110,2 млн. рублей. Также не введены в эксплуатацию интегрированные компоненты ЕАИС, автоматизирующие ключевые рабочие процессы таможенного дела. При этом расходы на их создание составили 442,2 млн. рублей, а на приобретение оборудования для обеспечения их эксплуатации – 257,8 млн. рублей. Кроме того, не обеспечено применение в деятельности всех таможенных органов АПС «Анализ рисков», затраты на разработку и создание которой в период 2009-2012 годов составили 31,9 млн. рублей.