В отчете аудитора Валерия Богомолова представлены результаты проверки целевого и эффективного использования средств федерального бюджета на денежное довольствие военнослужащих, заработную плату гражданского персонала Вооруженных Сил РФ и иные выплаты за 2010-2012 годы, а также на расходы, связанные с проведением реформы денежного довольствия.
В отчете отмечается, что введенная с 1 января 2012 года новая система денежного довольствия военнослужащих позволила увеличить его размер в среднем в 2,5 — 3 раза, то есть выполнить поставленную Президентом России задачу.
Проверка показала, что основные объемы средств, предусмотренных на стимулирование военной службы, прежним руководством Минобороны России направлялись на дополнительные выплаты руководителям органов центрального аппарата Минобороны России, удельный вес которых в их совокупном доходе за 2012 год составлял до 81,2%, при том, что доля дополнительных выплат военнослужащим воинских частей в сумме денежного довольствия за 2012 год составляла 2,3%.
В целях централизации расчетов с военнослужащими в 2011 году был создан Единый расчетный центр штатом в 420 человек, на первом этапе работы которого наблюдался рост обращений военнослужащих по фактам переплат и недоплат, задержек в выплатах денежного довольствия. Вместе с тем работа по переходу на централизованный порядок расчетов сопровождается необходимостью ежемесячного дополнительного привлечения около 300 военнослужащих. Кроме того, часть расходов, связанных с выплатами денежного довольствия (командировочных, подъемных и т.д.), осуществляется через 41 орган финансового обеспечения Вооруженных Сил РФ.
В настоящее время факты переплат и недоплат не являются системными и в основном носят технический характер.
В связи с переходом на безналичный порядок расчетов с личным составом появилась проблема доступности банкоматов для получения личным составом денежного довольствия в ряде воинских частей. Проводимый эксперимент по переводу всех военнослужащих срочной службы на получение одинакового размера денежного довольствия (2000 руб.) получил неоднозначную оценку, т.к. у военнослужащего отсутствует стимул при выполнении своих функций в зависимости от объема и степени ответственности.
Несмотря на проводимую реорганизацию системы обеспечения военнослужащих денежным довольствием и значительные объемы бюджетных средств, направляемых на эти цели, контроль над их использованием со стороны контрольно-финансовых органов Минобороны России не осуществлялся.